(2) 烘烤低温泵真空系统时应特别注意，由于低温泵怕热辐劓，当系统烘烤到450℃时，可能导致泵的温度升高到超过工作范围，此时可以在泵和系统之间插入水冷挡板作为热辐射屏蔽，但这会严重地减小抽速。可以把挡板制成烘烤时旋转到屏蔽位置，结束后旋转回去的类似于蝶阀的结构。挡板在屏蔽位置时，系统的抽速减小了75%。
(3)在抽气系统操作时，系统的操作者应确保在工作过程中低温泵的热载荷不超过额定指标，尤其应特别注意泵第一级附板上的热载荷大小。为了确保低温泵的热载荷不超过指标(尤其是第一级上的热负载)，应采用某种形式的障板来减少射到第一级上的辐射用量。除了真空室壁附近300 K的辐射外，第一级还接受来自诸如镀膜室、加热灯丝或溅射放电等热辐射源。在许多过程中热载荷可高达100到150w，此时就容易超过功率为35到40 W的膨胀机的容。因而需要加某种形式的障板来减少射到第一级上的辐射通量。最简单的办法是用反射的非冷却障板。如果还不够的话，则需要采用带冷却的人字形障板。这种障板可以用水冷却也可以用液氮来冷却。
(4)低温泵在连续运转中，尤其是在吸附剂被氦饱和时，应特别注意防止瞬时断电，因为即使是短时间停电，氦气也会从吸附剂中释放出来，而且会把真空器壁上的大量热量传到抽气表面上去。这时即使系统已经粗抽到20 Pa也解决不了问题，因为那也不足以阻止连续的热传导现象发生。 如果发生短时间断电情况，即当氦被猝发以后，则泵就不能再继续工作，而需要再生了。如果停电时间较长，则可能使水蒸气从第一级释放出来并淀积在第二级上使吸附剂饱和，此时需要彻底再生。
(5)操作中应经常检查低温泵的过压安全阀是否正常，以防止安全阀失灵，对操作者和泵造成危害。
(6)小能用低温泵抽除有毒的或易爆及容易产生化学反应的危险气体。因为地温表面可冷凝各种蒸气，所以它会累积大量的沉积物，当泵被升温时，低温表面冷凝的某些沉积物就可能相互反应或与大气发生反应。例如，硅烷和水蒸气在77K时会起反应．产生爆炸的危险。如果泵中凝结着爆炸性气体，则在泵突然升温大量气体放出时，它们会流到被抽空的系统中去，此时如果电离规在工作就会发生严重问题。
(7)低温泵对所有气体的抽气能力并不是都一样。低温泵的抽氦和抽氢的能力要比抽其它气体的能力差得多，在系统的组成和操作时应考虑这一点。
(8) 压缩机需充以高纯氦(99 999％)。氖是氦中最常见的杂质，它会凝聚在低温级上并导致密封件磨损。